Do wyznaczenia macierzy wag bazującej na odległościach punktów, powinniśmy dysponować danymi mapy zawierającej obiekty typu punkt, wielopunkt lub wielokąt. W przypadku analizy wielokątów obliczenia oparte są na centroidach, a przypadku wielopunktów na centrach obiektów.

Opis macierzy, której elementy powstają na zasadzie wyliczania odległości pomiędzy punktami można znaleźć w Podręczniku użytkownika - PQStat, w rozdziale dotyczącym macierzy podobieństwa.